Leistungsverzeichnis

panel : ID159.04
Intrahepatische Cholestase : 25 Gene (64,920 kb)
Ihr regionales Labor für Rückfragen und Beauftragung
Material Dauer Akkreditierung
3 - 5 ml EDTA-Blut 3 - 5 Wochen ja
Untersuchte Bereiche / Gene
Genotyp OMIM-P Erbgang Phänotyp Methodik
ABCB4 602347 AR Progressive familiäre intrahepatische Cholestase (PFIC3) SNV und CNV: Short Read NGS
ABCB4 171060 AD, AR Intrahepatische Schwangerschaftscholestase (ICP3) SNV und CNV: Short Read NGS
ABCB11 603201 AR Progressive familiäre intrahepatische Cholestase (PFIC2) SNV und CNV: Short Read NGS
ABCB11 605479 AR Benigne rekurrente intrahepatische Cholestase (BRIC2) SNV und CNV: Short Read NGS
ABCC2 237500 AR Intrahepatische Schwangerschaftscholestase (ICP) SNV und CNV: Short Read NGS
ABCD3 616278 AR Kongenitaler Gallensäuresynthesedefekt (CBAS5) SNV und CNV: Short Read NGS
ABCG5 147480 AR Intrahepatische Schwangerschaftscholestase (ICP) SNV und CNV: Short Read NGS
ABCG8 611465 AR Progressive familiäre intrahepatische Cholestase (PFIC) SNV und CNV: Short Read NGS
ABCG8 147480 AR Intrahepatische Schwangerschaftscholestase (ICP) SNV und CNV: Short Read NGS
ACOX2 617308 AR Kongenitaler Gallensäuresynthesedefekt (CBAS6) SNV und CNV: Short Read NGS
AKR1D1 235555 AR Kongenitaler Gallensäuresynthesedefekt (CBAS2) SNV und CNV: Short Read NGS
AMACR 214950 AR Kongenitaler Gallensäuresynthesedefekt (CBAS4) SNV und CNV: Short Read NGS
ATP8B1 211600 AR Progressive familiäre intrahepatische Cholestase (PFIC1) SNV und CNV: Short Read NGS
ATP8B1 243300 AR Benigne rekurrente intrahepatische Cholestase (BRIC1) SNV und CNV: Short Read NGS
ATP8B1 147480 AD Intrahepatische Schwangerschaftscholestase (ICP1) SNV und CNV: Short Read NGS
BAAT 619232 AR Kongenitaler Gallensäuresynthesedefekt (BACD1) SNV und CNV: Short Read NGS
CYP7B1 613812 AR Kongenitaler Gallensäuresynthesedefekt (CBAS3) SNV und CNV: Short Read NGS
HSD3B7 607765 AR Kongenitaler Gallensäuresynthesedefekt (CBAS1) SNV und CNV: Short Read NGS
JAG1 118454 AD Alagille-Syndrom (ALGS1) SNV und CNV: Short Read NGS
KIF12 619662 AR Progressive familiäre intrahepatische Cholestase (PFIC8) SNV und CNV: Short Read NGS
MYO5B 619868 AR Progressive familiäre intrahepatische Cholestase (PFIC10) SNV und CNV: Short Read NGS
NOTCH2 610205 AD Alagille-Syndrom (ALGS2) SNV und CNV: Short Read NGS
NR1H4 617049 AR Progressive familiäre intrahepatische Cholestase (PFIC5) SNV und CNV: Short Read NGS
SEMA7A 619674 AR Progressive familiäre intrahepatische Cholestase (PFIC11) SNV und CNV: Short Read NGS
SLC25A13 605814 AR Neonatale intrahepatische Cholestase (NICCD) SNV und CNV: Short Read NGS
SLC51A 619484 AR Progressive familiäre intrahepatische Cholestase (PFIC6) SNV und CNV: Short Read NGS
TJP2 615049 AR Progressive familiäre intrahepatische Cholestase (PFIC4) SNV und CNV: Short Read NGS
USP53 617431 AR Progressive familiäre intrahepatische Cholestase (PFIC7) SNV und CNV: Short Read NGS
VPS33B 620010 AR Progressive familiäre intrahepatische Cholestase (PFIC12) SNV und CNV: Short Read NGS
ZFYVE19 619849 AR Progressive familiäre intrahepatische Cholestase (PFIC9) SNV und CNV: Short Read NGS
Methodik
ROI: complete Reference cDNA includierend +/-20bp exon intron Grenze plus Custom Spike-in (Sonden für intronische und regulatorische Varianten der Klassen 4 und 5 aus HGMD- und ClinVar-Annotation, Stand 01/2025). Library: Capture based TWIST Library Sequenzierung: Aviti, Illumina- NovaSeq6000 oder NovaseqX Sequencer Variantenklassifikation gemäß ACMG-Guidelines (Richards et al. 2015, PMID: 25741868) sowie, falls verfügbar, Gen-spezifischer Guidelines (https://cspec.genome.network/cspec/ui/svi) Varianten unklarer Signifikanz (VUS) werden nur berichtet, wenn sie als klinisch relevant angesehen werden Punktesystem nach Tavtigian et al., 2020, PMID: 32720330): „hot“ VUS: 5 Punkte; „warm“ VUS: 4 Punkte; „tepid“ VUS: 3 Punkte; „cool“ VUS: 2 Punkte; „cold“ VUS: 1 Punkt; „ice cold“ VUS: 0 Punkte). Bestätigung des NGS-Ergebnisses wird für krankheitsauslösende Varianten mittels konventioneller Sanger-Sequenzierung durchgeführt, sofern die internen Qualitätskriterien nicht erfüllt sind. Limitationen: Varianten (SNV/InDels) werden ab einer Allelfrequenz von >25% nachgewiesen. Größere Insertionen/Deletionen oder InDels können unter Umständen nicht detektiert werden, da sie als nicht-passende Bereiche vom Mapping-Algorithmus entfernt werden. Nicht alle potentiell relevanten Bereiche der untersuchten Gene (z. B. regulatorische Bereiche, Introns) können komplett abgedeckt werden. Strukturaberration oder Keimbahnmosaike können nicht ausgeschlossen werden. Bereiche mit schwierigen Sequenzbereichen wie z.B. repetitiven Sequenzen oder homologen Bereichen (LINEs, SINEs, Alu-Elemente, Pseudogenen oder Trinukleotid-Repeats) mit deutlich eingeschränkten Nachweisgrenze.
Progressive intrahepatische Cholestase (PFIC)
ABCB11, ABCB4, ABCG8, ATP8B1, KIF12, MYO5B, NR1H4, SEMA7A, SLC51A, TJP2, USP53, VPS33B, ZFYVE19
Kongenitaler Gallensäuresynthesedefekt (CBAS)
ABCD3, ACOX2, AKR1D1, AMACR, BAAT, CYP7B1, HSD3B7
Alagille-Syndrom (ALGS)
JAG1, NOTCH2
Kosten
Die Kosten werden bei bestehender medizinischer Indikation über einen Überweisungsschein Typ 10 (EBM) abgerechnet. Humangenetische Leistungen sind nicht budgetrelevant. Für privatversicherte Patienten sowie private Kostenträger (Krankenhäuser etc.) können auf Wunsch entsprechende Kostenvoranschläge erstellt werden.
Gesamte Genliste
ABCB11, ABCB4, ABCC2, ABCD3, ABCG5, ABCG8, ACOX2, AKR1D1, AMACR, ATP8B1, BAAT, CYP7B1, HSD3B7, JAG1, KIF12, MYO5B, NOTCH2, NR1H4, SEMA7A, SLC25A13, SLC51A, TJP2, USP53, VPS33B, ZFYVE19
HPO Terms
Intrahepatic cholestasis, Jaundice, Pruritus, Palmar pruritus, Hyperbilirubinemia, Conjugated hyperbilirubinemia, Elevated circulating alkaline phosphatase concentration, Elevated gamma‑glutamyltransferase level, Elevated serum bile acid concentration, Elevated total bile acid concentration, Hepatomegaly, Ascites, Splenomegaly, Portal hypertension, Fat malabsorption, Steatorrhea, Diarrhea, Abdominal pain, Hepatic fibrosis, Bile duct proliferation
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