Leistungsverzeichnis

panel : ID133.00
Lissenzephalie (LIS) : 12 Gene (46,416 kb)
Ihr regionales Labor für Rückfragen und Beauftragung
Material Dauer Akkreditierung
3 - 5 ml EDTA-Blut 3 - 5 Wochen ja
Untersuchte Bereiche / Gene
Genotyp OMIM-P Erbgang Phänotyp Methodik
ARX 300215 XL LISX2 SNV und CNV: Short Read NGS
CDK5 616342 AR LIS7 SNV und CNV: Short Read NGS
CEP85L 618873 AD LIS10 SNV und CNV: Short Read NGS
DCX 300067 XL LISX1 SNV und CNV: Short Read NGS
KATNB1 616212 AR LIS6 SNV und CNV: Short Read NGS
LAMB1 615191 AR LIS5 SNV und CNV: Short Read NGS
MACF1 618325 AD LIS9 SNV und CNV: Short Read NGS
NDE1 614019 AR LIS4 SNV und CNV: Short Read NGS
PAFAH1B1 607432 AD LIS1 SNV und CNV: Short Read NGS
RELN 257320 AR LIS2 SNV und CNV: Short Read NGS
TMTC3 617255 AR LIS8 SNV und CNV: Short Read NGS
TUBA1A 611603 AD LIS3 SNV und CNV: Short Read NGS
Methodik
ROI: complete Reference cDNA includierend +/-20bp exon intron Grenze plus Custom Spike-in (Sonden für intronische und regulatorische Varianten der Klassen 4 und 5 aus HGMD- und ClinVar-Annotation, Stand 01/2025). Library: Capture based TWIST Library Sequenzierung: Aviti, Illumina- NovaSeq6000 oder NovaseqX Sequencer Variantenklassifikation gemäß ACMG-Guidelines (Richards et al. 2015, PMID: 25741868) sowie, falls verfügbar, Gen-spezifischer Guidelines (https://cspec.genome.network/cspec/ui/svi) Varianten unklarer Signifikanz (VUS) werden nur berichtet, wenn sie als klinisch relevant angesehen werden Punktesystem nach Tavtigian et al., 2020, PMID: 32720330): „hot“ VUS: 5 Punkte; „warm“ VUS: 4 Punkte; „tepid“ VUS: 3 Punkte; „cool“ VUS: 2 Punkte; „cold“ VUS: 1 Punkt; „ice cold“ VUS: 0 Punkte). Bestätigung des NGS-Ergebnisses wird für krankheitsauslösende Varianten mittels konventioneller Sanger-Sequenzierung durchgeführt, sofern die internen Qualitätskriterien nicht erfüllt sind. Limitationen: Varianten (SNV/InDels) werden ab einer Allelfrequenz von >25% nachgewiesen. Größere Insertionen/Deletionen oder InDels können unter Umständen nicht detektiert werden, da sie als nicht-passende Bereiche vom Mapping-Algorithmus entfernt werden. Nicht alle potentiell relevanten Bereiche der untersuchten Gene (z. B. regulatorische Bereiche, Introns) können komplett abgedeckt werden. Strukturaberration oder Keimbahnmosaike können nicht ausgeschlossen werden. Bereiche mit schwierigen Sequenzbereichen wie z.B. repetitiven Sequenzen oder homologen Bereichen (LINEs, SINEs, Alu-Elemente, Pseudogenen oder Trinukleotid-Repeats) mit deutlich eingeschränkten Nachweisgrenze.
Lissenzephalie (LIS)
ARX, CDK5, CEP85L, DCX, KATNB1, LAMB1, MACF1, NDE1, PAFAH1B1, RELN, TMTC3, TUBA1A
Kosten
Die Kosten werden bei bestehender medizinischer Indikation über einen Überweisungsschein Typ 10 (EBM) abgerechnet. Humangenetische Leistungen sind nicht budgetrelevant. Für privatversicherte Patienten sowie private Kostenträger (Krankenhäuser etc.) können auf Wunsch entsprechende Kostenvoranschläge erstellt werden.
Gesamte Genliste
ARX, CDK5, CEP85L, DCX, KATNB1, LAMB1, MACF1, NDE1, PAFAH1B1, RELN, TMTC3, TUBA1A
HPO Terms
Lissencephaly, Pachygyria, Agyria, Abnormal cortical lamination, Delayed myelination, Seizure, Infantile spasms, Developmental delay, Intellectual disability, Spastic quadriplegia, Hypotonia, Hypertonia, Microcephaly, Macrocephaly, Hydrocephalus, Agenesis of corpus callosum, Cerebral atrophy, Subcortical heterotopia, Abnormal cerebellar morphology, Abnormal brain morphology
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