Leistungsverzeichnis

panel : ID173.00
Schizenzephalie : 7 Gene (19,737 kb)
Ihr regionales Labor für Rückfragen und Beauftragung
Material Dauer Akkreditierung
3 - 5 ml EDTA-Blut 3 - 5 Wochen ja
Untersuchte Bereiche / Gene
Genotyp OMIM-P Erbgang Phänotyp Methodik
COL4A1 175780 AD Zerebrale Kleingefäßerkrankung (BSVD1) SNV und CNV: Short Read NGS
COL4A2 614483 AD Zerebrale Kleingefäßerkrankung (BSVD2) SNV und CNV: Short Read NGS
COLGALT1 618360 AR Zerebrale Kleingefäßerkrankung (BSVD3) SNV und CNV: Short Read NGS
EMX2 269160 AD Schizenzephalie SNV und CNV: Short Read NGS
SHH 269160 AD Schizenzephalie SNV und CNV: Short Read NGS
SIX3 269160 AD Schizenzephalie SNV und CNV: Short Read NGS
WDR62 604317 AR Mikrozephalie mit Schizenzephalie (MCPH2) SNV und CNV: Short Read NGS
Methodik
ROI: complete Reference cDNA includierend +/-20bp exon intron Grenze plus Custom Spike-in (Sonden für intronische und regulatorische Varianten der Klassen 4 und 5 aus HGMD- und ClinVar-Annotation, Stand 01/2025). Library: Capture based TWIST Library Sequenzierung: Aviti, Illumina- NovaSeq6000 oder NovaseqX Sequencer Variantenklassifikation gemäß ACMG-Guidelines (Richards et al. 2015, PMID: 25741868) sowie, falls verfügbar, Gen-spezifischer Guidelines (https://cspec.genome.network/cspec/ui/svi) Varianten unklarer Signifikanz (VUS) werden nur berichtet, wenn sie als klinisch relevant angesehen werden Punktesystem nach Tavtigian et al., 2020, PMID: 32720330): „hot“ VUS: 5 Punkte; „warm“ VUS: 4 Punkte; „tepid“ VUS: 3 Punkte; „cool“ VUS: 2 Punkte; „cold“ VUS: 1 Punkt; „ice cold“ VUS: 0 Punkte). Bestätigung des NGS-Ergebnisses wird für krankheitsauslösende Varianten mittels konventioneller Sanger-Sequenzierung durchgeführt, sofern die internen Qualitätskriterien nicht erfüllt sind. Limitationen: Varianten (SNV/InDels) werden ab einer Allelfrequenz von >25% nachgewiesen. Größere Insertionen/Deletionen oder InDels können unter Umständen nicht detektiert werden, da sie als nicht-passende Bereiche vom Mapping-Algorithmus entfernt werden. Nicht alle potentiell relevanten Bereiche der untersuchten Gene (z. B. regulatorische Bereiche, Introns) können komplett abgedeckt werden. Strukturaberration oder Keimbahnmosaike können nicht ausgeschlossen werden. Bereiche mit schwierigen Sequenzbereichen wie z.B. repetitiven Sequenzen oder homologen Bereichen (LINEs, SINEs, Alu-Elemente, Pseudogenen oder Trinukleotid-Repeats) mit deutlich eingeschränkten Nachweisgrenze.
Schizenzephalie
COL4A1, COL4A2, COLGALT1, EMX2, SHH, SIX3, WDR62
Kosten
Die Kosten werden bei bestehender medizinischer Indikation über einen Überweisungsschein Typ 10 (EBM) abgerechnet. Humangenetische Leistungen sind nicht budgetrelevant. Für privatversicherte Patienten sowie private Kostenträger (Krankenhäuser etc.) können auf Wunsch entsprechende Kostenvoranschläge erstellt werden.
Gesamte Genliste
COL4A1, COL4A2, COLGALT1, EMX2, SHH, SIX3, WDR62
HPO Terms
Schizencephaly, Abnormal cortical gyration, Abnormal periventricular white matter morphology, Polymicrogyria, Pachygyria, Lissencephaly, Seizure, Generalized-onset seizure, Focal-onset seizure, Hemiparesis, Spasticity, Hypotonia, Intellectual disability, Severe global developmental delay, Global developmental delay, Hyperintensity of cerebral white matter on MRI, Cerebral calcification, Subcortical heterotopia, Abnormal brainstem morphology, Abnormal corpus callosum morphology
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