Leistungsverzeichnis

panel : ID113.00
Seckel-Syndrom (SCKL) : 9 Gene (33,462 kb)
Ihr regionales Labor für Rückfragen und Beauftragung
Material Dauer Akkreditierung
3 - 5 ml EDTA-Blut 3 - 5 Wochen ja
Untersuchte Bereiche / Gene
Genotyp OMIM-P Erbgang Phänotyp Methodik
ATR 210600 AR SCKL1 SNV und CNV: Short Read NGS
CEP63 614728 AR SCKL6 SNV und CNV: Short Read NGS
CEP152 614852 AR SCKL5 SNV und CNV: Short Read NGS
CPAP 608393 AR SCKL4 SNV und CNV: Short Read NGS
DNA2 615807 AR SCKL8 SNV und CNV: Short Read NGS
NIN 614851 AR SCKL7 SNV und CNV: Short Read NGS
NSMCE2 617246 AR SCKL10 SNV und CNV: Short Read NGS
RBBP8 606744 AR SCKL2 SNV und CNV: Short Read NGS
TRAIP 616777 AR SCKL9 SNV und CNV: Short Read NGS
Methodik
ROI: complete Reference cDNA includierend +/-20bp exon intron Grenze plus Custom Spike-in (Sonden für intronische und regulatorische Varianten der Klassen 4 und 5 aus HGMD- und ClinVar-Annotation, Stand 01/2025). Library: Capture based TWIST Library Sequenzierung: Aviti, Illumina- NovaSeq6000 oder NovaseqX Sequencer Variantenklassifikation gemäß ACMG-Guidelines (Richards et al. 2015, PMID: 25741868) sowie, falls verfügbar, Gen-spezifischer Guidelines (https://cspec.genome.network/cspec/ui/svi) Varianten unklarer Signifikanz (VUS) werden nur berichtet, wenn sie als klinisch relevant angesehen werden Punktesystem nach Tavtigian et al., 2020, PMID: 32720330): „hot“ VUS: 5 Punkte; „warm“ VUS: 4 Punkte; „tepid“ VUS: 3 Punkte; „cool“ VUS: 2 Punkte; „cold“ VUS: 1 Punkt; „ice cold“ VUS: 0 Punkte). Bestätigung des NGS-Ergebnisses wird für krankheitsauslösende Varianten mittels konventioneller Sanger-Sequenzierung durchgeführt, sofern die internen Qualitätskriterien nicht erfüllt sind. Limitationen: Varianten (SNV/InDels) werden ab einer Allelfrequenz von >25% nachgewiesen. Größere Insertionen/Deletionen oder InDels können unter Umständen nicht detektiert werden, da sie als nicht-passende Bereiche vom Mapping-Algorithmus entfernt werden. Nicht alle potentiell relevanten Bereiche der untersuchten Gene (z. B. regulatorische Bereiche, Introns) können komplett abgedeckt werden. Strukturaberration oder Keimbahnmosaike können nicht ausgeschlossen werden. Bereiche mit schwierigen Sequenzbereichen wie z.B. repetitiven Sequenzen oder homologen Bereichen (LINEs, SINEs, Alu-Elemente, Pseudogenen oder Trinukleotid-Repeats) mit deutlich eingeschränkten Nachweisgrenze.
Seckel-Syndrom (SCKL)
ATR, CEP152, CEP63, CPAP, DNA2, NIN, NSMCE2, RBBP8, TRAIP
Kosten
Die Kosten werden bei bestehender medizinischer Indikation über einen Überweisungsschein Typ 10 (EBM) abgerechnet. Humangenetische Leistungen sind nicht budgetrelevant. Für privatversicherte Patienten sowie private Kostenträger (Krankenhäuser etc.) können auf Wunsch entsprechende Kostenvoranschläge erstellt werden.
Gesamte Genliste
ATR, CEP152, CEP63, CPAP, DNA2, NIN, NSMCE2, RBBP8, TRAIP
HPO Terms
Postnatal growth retardation, Intrauterine growth retardation, Severe growth retardation, Growth delay, Microcephaly, Primary microcephaly, Intellectual disability, mild, Intellectual disability, moderate, Intellectual disability, severe, Global developmental delay, Short stature, Severe short stature, Micrognathia, Retrognathia, Cataract, Microphthalmia, Microtia, Thin upper lip vermilion, Prominent nasal bridge, Bifid nasal tip
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