Leistungsverzeichnis

panel : ID228.00
Spastische Ataxie (SPAX) : 12 Gene (34,782 kb)
Ihr regionales Labor für Rückfragen und Beauftragung
Material Dauer Akkreditierung
3 - 5 ml EDTA-Blut 3 - 5 Wochen ja
Untersuchte Bereiche / Gene
Genotyp OMIM-P Erbgang Phänotyp Methodik
AFG3L2 614487 AR SPAX5 SNV und CNV: Short Read NGS
CAPN1 616907 AR SPAX (SPG76) SNV und CNV: Short Read NGS
CHP1 618438 AR SPAX9 SNV und CNV: Short Read NGS
GJC2 613206 AR SPAX (SPG44) SNV und CNV: Short Read NGS
KIF1C 611302 AR SPAX2 SNV und CNV: Short Read NGS
MARS2 611390 AR SPAX3 SNV und CNV: Short Read NGS
MTPAP 613672 AR SPAX4 SNV und CNV: Short Read NGS
NKX6-2 617560 AR SPAX8 SNV und CNV: Short Read NGS
POLR3A 607694 AR SPAX (ADDH) SNV und CNV: Short Read NGS
SACS 270550 AR SPAX6 SNV und CNV: Short Read NGS
SPG7 607259 AR, AD SPAX (SPG7) SNV und CNV: Short Read NGS
VAMP1 108600 AD SPAX1 SNV und CNV: Short Read NGS
Methodik
ROI: complete Reference cDNA includierend +/-20bp exon intron Grenze plus Custom Spike-in (Sonden für intronische und regulatorische Varianten der Klassen 4 und 5 aus HGMD- und ClinVar-Annotation, Stand 01/2025). Library: Capture based TWIST Library Sequenzierung: Aviti, Illumina- NovaSeq6000 oder NovaseqX Sequencer Variantenklassifikation gemäß ACMG-Guidelines (Richards et al. 2015, PMID: 25741868) sowie, falls verfügbar, Gen-spezifischer Guidelines (https://cspec.genome.network/cspec/ui/svi) Varianten unklarer Signifikanz (VUS) werden nur berichtet, wenn sie als klinisch relevant angesehen werden Punktesystem nach Tavtigian et al., 2020, PMID: 32720330): „hot“ VUS: 5 Punkte; „warm“ VUS: 4 Punkte; „tepid“ VUS: 3 Punkte; „cool“ VUS: 2 Punkte; „cold“ VUS: 1 Punkt; „ice cold“ VUS: 0 Punkte). Bestätigung des NGS-Ergebnisses wird für krankheitsauslösende Varianten mittels konventioneller Sanger-Sequenzierung durchgeführt, sofern die internen Qualitätskriterien nicht erfüllt sind. Limitationen: Varianten (SNV/InDels) werden ab einer Allelfrequenz von >25% nachgewiesen. Größere Insertionen/Deletionen oder InDels können unter Umständen nicht detektiert werden, da sie als nicht-passende Bereiche vom Mapping-Algorithmus entfernt werden. Nicht alle potentiell relevanten Bereiche der untersuchten Gene (z. B. regulatorische Bereiche, Introns) können komplett abgedeckt werden. Strukturaberration oder Keimbahnmosaike können nicht ausgeschlossen werden. Bereiche mit schwierigen Sequenzbereichen wie z.B. repetitiven Sequenzen oder homologen Bereichen (LINEs, SINEs, Alu-Elemente, Pseudogenen oder Trinukleotid-Repeats) mit deutlich eingeschränkten Nachweisgrenze.
Spastische Ataxie (SPAX)
AFG3L2, CAPN1, CHP1, GJC2, KIF1C, MARS2, MTPAP, NKX6-2, POLR3A, SACS, SPG7, VAMP1
Kosten
Die Kosten werden bei bestehender medizinischer Indikation über einen Überweisungsschein Typ 10 (EBM) abgerechnet. Humangenetische Leistungen sind nicht budgetrelevant. Für privatversicherte Patienten sowie private Kostenträger (Krankenhäuser etc.) können auf Wunsch entsprechende Kostenvoranschläge erstellt werden.
Gesamte Genliste
AFG3L2, CAPN1, CHP1, COQ4, GJC2, KIF1C, MARS2, MTPAP, NKX6-2, POLR3A, SACS, SPG7, VAMP1
HPO Terms
Spastic ataxia, Spasticity, Ataxia, Dysarthria, Dystonia, Distal muscle weakness, Cerebellar atrophy, Cerebellar hypoplasia, Gait ataxia, Lower limb hyperreflexia, Hyperreflexia, Spastic paraplegia, Spastic paraparesis, Cerebellar vermis atrophy, Peripheral axonal neuropathy, Sensory axonal neuropathy, Demyelinating peripheral neuropathy, Dysmetria, Dysdiadochokinesis
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