Leistungsverzeichnis

panel : ID292.00
Hyperphosphatasie-Intelligenzminderung-Syndrom (HPMRS) : 6 Gene (8,211 kb)
Ihr regionales Labor für Rückfragen und Beauftragung
Material Dauer Akkreditierung
3 - 5 ml EDTA-Blut 2 - 4 Wochen ja
Untersuchte Bereiche / Gene
Genotyp OMIM-P Erbgang Phänotyp Methodik
PGAP2 614207 AR Hyperphosphatasie-Intelligenzminderung-Syndrom (HPMRS3, GPIBD8) SNV und CNV: Short Read NGS
PGAP3 615716 AR Hyperphosphatasie-Intelligenzminderung-Syndrom (HPMRS4, GPIBD10) SNV und CNV: Short Read NGS
PIGO 614749 AR Hyperphosphatasie-Intelligenzminderung-Syndrom (HPMRS2, GPIBD6) SNV und CNV: Short Read NGS
PIGV 239300 AR Hyperphosphatasie-Intelligenzminderung-Syndrom (HPMRS1, GPIBD2) SNV und CNV: Short Read NGS
PIGW 616025 AR Hyperphosphatasie-Intelligenzminderung-Syndrom (HPMRS5, GPIBD11) SNV und CNV: Short Read NGS
PIGY 616809 AR Hyperphosphatasie-Intelligenzminderung-Syndrom (HPMRS6, GPIBD12) SNV und CNV: Short Read NGS
Methodik
ROI: complete Reference cDNA includierend +/-20bp exon intron Grenze plus Custom Spike-in (Sonden für intronische und regulatorische Varianten der Klassen 4 und 5 aus HGMD- und ClinVar-Annotation, Stand 01/2025). Library: Capture based TWIST Library Sequenzierung: Aviti, Illumina- NovaSeq6000 oder NovaseqX Sequencer Variantenklassifikation gemäß ACMG-Guidelines (Richards et al. 2015, PMID: 25741868) sowie, falls verfügbar, Gen-spezifischer Guidelines (https://cspec.genome.network/cspec/ui/svi) Varianten unklarer Signifikanz (VUS) werden nur berichtet, wenn sie als klinisch relevant angesehen werden Punktesystem nach Tavtigian et al., 2020, PMID: 32720330): „hot“ VUS: 5 Punkte; „warm“ VUS: 4 Punkte; „tepid“ VUS: 3 Punkte; „cool“ VUS: 2 Punkte; „cold“ VUS: 1 Punkt; „ice cold“ VUS: 0 Punkte). Bestätigung des NGS-Ergebnisses wird für krankheitsauslösende Varianten mittels konventioneller Sanger-Sequenzierung durchgeführt, sofern die internen Qualitätskriterien nicht erfüllt sind. Limitationen: Varianten (SNV/InDels) werden ab einer Allelfrequenz von >25% nachgewiesen. Größere Insertionen/Deletionen oder InDels können unter Umständen nicht detektiert werden, da sie als nicht-passende Bereiche vom Mapping-Algorithmus entfernt werden. Nicht alle potentiell relevanten Bereiche der untersuchten Gene (z. B. regulatorische Bereiche, Introns) können komplett abgedeckt werden. Strukturaberration oder Keimbahnmosaike können nicht ausgeschlossen werden. Bereiche mit schwierigen Sequenzbereichen wie z.B. repetitiven Sequenzen oder homologen Bereichen (LINEs, SINEs, Alu-Elemente, Pseudogenen oder Trinukleotid-Repeats) mit deutlich eingeschränkten Nachweisgrenze.
Hyperphosphatasie-Intelligenzminderung-Syndrom (HPMRS)
PGAP2, PGAP3, PIGO, PIGV, PIGW, PIGY
Kosten
Die Kosten werden bei bestehender medizinischer Indikation über einen Überweisungsschein Typ 10 (EBM) abgerechnet. Humangenetische Leistungen sind nicht budgetrelevant. Für privatversicherte Patienten sowie private Kostenträger (Krankenhäuser etc.) können auf Wunsch entsprechende Kostenvoranschläge erstellt werden.
Gesamte Genliste
PGAP2, PGAP3, PIGO, PIGV, PIGW, PIGY
HPO Terms
Elevated circulating alkaline phosphatase concentration, Intellectual disability, Global developmental delay, Seizure, Hypotonia, Ataxia, Cerebral hypomyelination, Delayed myelination, Thin corpus callosum, Brain atrophy, Long palpebral fissure, Broad nasal tip, Short philtrum, High palate, Cleft palate, Absent speech, Hearing impairment, Strabismus, Microcephaly, Developmental regression
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